이른바 삼성 비자금 사건과 관련하여, 검찰은 특별수사, 감찰본부를 설치 이 사건을 철저하고 공정하게 수사해 나갈 방침이라고 밝혔다.

이는 수사의 공정성과 관련해 검찰총장 내정자에 대한 국회의 청문회 과정에서 나타난 국민여론을 반영한 것으로, 실체적 진실을 가장 효율적으로 밝힐 수 있는 방안이라고 판단했기 때문이라고 밝힌 가운데 최근 구체적인 증거가 뒷받침되지 않은 일방적인 것이기는 하나, 검찰총장 후보자 등 일부 검찰간부들이 삼성그룹의 관리대상자였다는 주장이 제기되어 국민들의 의혹이 증폭됨으로써,

기존의 수사지휘 체계에 따른 검찰수사로는 수사의 공정성에 대한 국민의 신뢰를 얻기 어렵다고 판단했고, 특별수사감찰본부의 구성과 운영은 수사주체의 공정성 확보를 위해 검찰 내외부의 변수를 고려하되 국민여론을 최우선적으로 반영하도록 할 계획이녀 이에 따른 특별수사 감찰본부는 독립해 수사하여 나갈 것이라고 관계자는 밝혔다.